Kementerian yang mempunyai kewenangan terkait dengan Desa, yakni :

• Kementerian Dalam Negeri (Kemendagri)

Kewenangan yang terkait administrasi Pemerintahan Desa. Dalam penyelenggaraan urusan pemerintahan pun, Desa merupakan bagian integral penyelenggaraan pemerintahan daerah yang merupakan kewenangan Menteri Dalam Negeri dalam pembinaan dan pengawasannya.

Sejumlah urusan desa yang tidak mungkin terlepas dari penyelenggaraan pemerintahan daerah adalah pemilihan serta pemberhentian kepala dan perangkat desa. Kemudian, penataan desa meliputi pembentukan, penghapusan, dan penggabungan desa. Termasuk di dalamnya penataan batas desa yang harus terintegrasi dengan batas kabupaten/kota.

• Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi (Kemendesa PDTT)

Kewenangan yang terkait Pembangunan, Pembinaan, dan Pemberdayaan Masyarakat Desa.